Во Агенцијата се формираат следните организациони единици:

  1. Одделение за следење и унапредување на квалитетот на здравствената заштита
  2. Одделение за акредитација на здравствените установи
  3. Одделение за правни работи, управување со човечки ресурси, финансиско работење и административна поддршка на Агенцијата

1. Одделението за следење и унапредување на квалитетот на здравствената заштита врши работи поврзани пред сé со мониторирање и евалуација на работењето на здравствените установи а кои се насочени кон унапредувањето на квалитетот и безбедноста на здравствената заштита. Заради истото во рамки на ова одделение пред се: се дефинираат механизмите за следење и унапредување на квалитет (како што се пр. индикаторите за квалитет) и начините на нивно евалуирање,  се воспоставува соработка со внатрешните Комисии (формирани во болниците) за следење на квалитет со цел давање на предлози за превземање конкретни мерки за унапредување на квалитетот на здравствената заштита, како и се организираат локални и регионални средби на координатори на внатрешните комисии за следење и унапредување на квалитетот на здравствената заштита.

2. Одделението за акредитација на здравствените установи пред се е надлежно во креирање на политики и стратегии во однос на воспоставување на акредитацијата како механизам за потврда на нивото на квалитет на работење на здравствените установи. Во делокругот на ова одделение спаѓа целокупна реализација на процесот на акредитација кој подразбира дефинирање и развивање на стандардите за акредитација како и ревизија и унапредување на истите, организирање и спроведување на постапката за акредитација, која подразбира заради што соработува  со Комисиите за внатрешно оценување во рамки на здравствените установи, спроведување обуки за надворешните оценувачи, водење на регистер на акредитирани здравствени установи и издадени сертификати.

3. Одделението за правни работи, управување со човечки ресурси, финансиско работење и административна поддршка на Агенцијата врши работи кои се однесуват на подготвување на законски и подзаконски акти од областите во надлежност на Агенцијата, давање стручни мислења за примена на закони, други прописи и општи акти од областа на здравството, следењето и унапредување на квалитетот и акредитацијата, како и изготвува мислења по прашања по кои се донесуваат одлуки на ниво на Агенцијата. Истовремено врши работи на изготвување и проучување на правни и управно-правни акти кои се однесуваат пред се на проблематиката на следењето и унапредување на квалитетот на здравствената заштита и акредитацијата на здравствените установи, постапува по предмети од општа управна постапка, кои вклучуват постапување по однос на заклучок од Влада на Република Македонија. Врши работи кои се однесуваат на архивското работење и управувањето со човечки ресурси како и работи во врска со буџетското работење во смисла на изготвување, следење и реализација на буџетот.