Veprimtaria kryesore e Agjencisë së Cilësisë dhe Akreditimit të Institucioneve Shëndetësore konsiston në kryerjen e punëve profesionale dhe zhvillimore lidhur me procedurën e akreditimit dhe përmirësimin e vazhdueshëm të cilësisë së kujdesit shëndetësor, si p.sh. zhvillimi i standardeve për akreditim, vlerësimi i cilësisë së funksionimit të institucioneve shëndetësore (akreditimi), lëshimi i certifikatave të institucioneve shëndetësore të akredituara dhe evidencat e tyre.
Në punën e saj, agjencia e drejton fokusin e saj kryesor në përmirësimin e gjithanshëm të cilësisë dhe sigurisë së ofrimit të mbrojtjes shëndetësore, me ndihmën e mekanizmave të përcaktuar më parë për vlerësimin e cilësisë dhe akreditimin në kujdesin shëndetësor. Si palë kyçe në sistemin e kujdesit shëndetësor, përpjekjet e Agjencisë janë të orientuara vazhdimisht drejt promovimit të dimensionit të cilësisë dhe akreditimit për të ecur në hap me trendet ekzistuese moderne.